有關總公司角色定位，海洋大學副校長張志清表示，依循產業關鍵成功因素的思維，總公司發展重點主要以擘劃未來，運用體制優化提升整體競爭力，如公司營運效能、整合四港資源發揮綜效，同時進行現有業務之行銷拓展，以及多角化推動中長期營運計畫。
總公司整合高雄港、台中港、基隆港、花蓮港等四個國際商港的營運，以及三個國際商港輔助港，專門經營航港業務，負責港口、港埠、招商營運，導入企業化經營，在總公司的運籌帷幄下，也將會依各港性質和特色，賦予不同角色，使七港形成一個港群。
根據規劃，未來，各港定位分別為：高雄港與台北港將以貨櫃運輸為主，專營遠洋航線；台中港因土地充裕、鄰近大陸，發展自貿港外，也將做為兩岸貿易直航港；基隆港規劃為近洋商港外，近年來積極發展郵輪母港和客運港，績效卓著，未來將繼續朝此方向發展；花蓮港則以滿足地方產業需求和觀光遊憩港為主。
至於自由貿易港區策略，港務公司延續過去方針，建構獨特性的物流營運模式，以兩岸ECFA為利基，及發揮台灣代工優勢，以國際物流加值切入國際大廠供應鏈管理，以MIT為產地之加值訴求營運模式。
港口供應鏈隨著產業日新月異，台灣港埠協會理事長王俊友日前參與研討會提出自由貿易港是創造港口供應鏈附加價值利器，複合運輸在港口供應鏈中具有舉足輕重地位，未來透過產官學研合作，開發港口供應鏈新價值。
王俊友提出自由貿易港區以發展「價值港」及「前店後廠」為未來發展方向。「價值港」為兩岸直航後，台灣港口不應單純以貨物進出口、轉口為主，應以產業供應鏈角度，考量如何提升附加價值。且須了解兩岸彼此港口特性清楚定位，找出具互補性之港口，以經營顧客的精神共同合作，建立關係網絡產業價值鏈。
「前店後廠」指整合串聯週邊區域如加工出口區、科學園區或其他保稅區等資源，以保稅方式運送至自由貿易港或其他相關保稅區進行相關作業，達到整合之綜效，提升自由貿易港區之整體營運效能，並帶動相關運籌產業發展。
而因應全球產業環境瞬息萬變，物流亦隨之朝向新趨勢發展，王俊友分析兩岸港口供應鏈未來發展方向，為海西經濟區發展與台灣關係越來越緊密，亞洲鐵路網構建已成行，以及滇緬公路打通中國通往歐洲的捷徑。
他提出建議指出，我港口提供新型物流服務，兩岸物流未來發展方向採新港口物流服務，建立獨特綠色物流走廊，此外開發內陸貨櫃集散站（ICD）／無水港／虛擬港。
以下內文出自: http://tw.news.yahoo.com/轄下7對外港口定位明確-164237895.html有一天，小明跑去台東民宿玩，一路上看到許多酒吧，便走了進去，見到許多清潔公司人員正拿著儀器在喝酒，他不解地問清潔公司裡面的人說，你們要去那裡做清潔呢?你們不是台北清潔公司嗎?怎麼在這裡?那清潔人員就回他說台北清潔人員屬於台北清潔公司，而台北清潔公司卻又跟台中搬家人員合作，導致台中搬家公司不在是單純的搬家公司了，不但要搬家還得修理熱水器呢，你看看有瓦斯熱水器、電熱水器、熱水器、熱泵熱水器、太陽能熱水器和電能熱水器等。那小明又開玩笑地問，油漆粉刷有沒有阿?台北清潔公司本身是沒有，但是做台北清潔這行倒是很多人會包辦，那人說到。突然間電視新聞開始播報小琉球民宿最近多夯，多受歡迎之類的。旁邊一個沉默的老頭突然喃喃自語地說，這跟seo有什麼兩樣?懂不懂網站排名阿?如果連網頁設計都不會，就一定不會知道關鍵字排名這種東西啦，還在用傳統電視傳媒，蠢!小名傻眼，連忙問seo是什麼阿?網站排名是不是比賽阿?網頁設計是不是只要漂亮就好啊?那老人不屑的回答道：網站排名就是透過網頁製作，尤其是那些台北網頁設計公司做出來的成品，非常容易使其在搜尋引擎上的關鍵字排名提升到前面，而這種作法英文簡稱就叫做seo，這樣懂嗎?那你知道為什麼要去做網站排名嗎?網站排名跟關鍵字排名有什麼不一樣?簡單講好了，網路就樣像是傳統黃頁，那種電話簿有沒有?像你如果要找個看護或是外勞是不是通常都要翻黃頁打電話給專門負責介紹看護的人力仲介公司?、請人來做壁癌處理、尋找綠島民宿等這些問題，以前都要慢慢打電話，現在，連你的地板想要特別裝潢成實木地板而不是用紙棧板或紙箱墊者都可以透過網路搜尋到正確公司，要求其服務，這就是網站排名的功用。而那些用到的關鍵字，就成了關鍵字排名的定義。小明又問，那像我家的油漆工程公司、油漆粉刷包辦也可以做成網站，去衝排名囉?那人豪氣地說，那當然，我之前要去溪頭住宿，想要查溪頭森林遊樂區，還不是要透過網路查，到最後也是選了第一名去參加他們的行程阿，就好像你剛剛看到那批清潔公司人員也是網路上搜尋像是電熱水器、電能熱水器、熱泵熱水器、瓦斯熱水器等熱水器，還有太陽能熱水器這些關鍵字才找到他們的阿，不要小看這新技術，連看護中心、居家看護這些傳統要面對面談的產業現在也都是靠網路活的呢。對阿，突然左邊那個戴著牛仔帽的人也靠過來說道，像我前幾天搜尋馬術、馬場這兩個關鍵字，結果跑出宜蘭美食、宜蘭創意料理、宜蘭餐廳、宜蘭民宿和宜蘭住宿這些相關網頁，才知道原來現在網站排名真的很厲害，會這個技術就是會置入性行銷了。小明猛點頭，突然決定要幫阿姨的澎湖民宿、大伯的和成衛浴、和成、TOTO衛浴和TOTO這些關鍵字去找尋排名的辦法，才能夠幫他們賺大錢!
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